Costruito nel 1614 sopra la chiesa della Compagnia di Santa Maria della Pietà e di San Rocco, e a questa collegato da tre rampe di scale, l'oratorio era destinato esclusivamente ai confratelli, che qui si riunivano in preghiera e per dedicarsi alle pratiche penitenziali previste dal loro statuto, che comprendevano una forma di autoflagellazione, comunitaria e al buio, simile a quella della Confraternita dei Battuti.

La ricchezza ed il prestigio raggiunti dalla Compagnia bolognese di San Rocco del Pratello, composta in gran parte da artigiani della seta ai quali, fino al 1676, era posto il divieto di riunirsi in società, sono testimoniati dall'apparato decorativo dell'oratorio, eseguito a partire dal 1626 da alcuni dei più noti artisti all'epoca attivi a Bologna. La facciata venne ultimata nel 1661 su progetto degli architetti Pietro Fiorini (1539 - 1614/22) e Floriano Ambrosini (1557 - 1621). Nel XVIII secolo l'oratorio venne rimodernato con i banchi lignei tuttora presenti, ed il pittore bolognese Pietro Scandellari (m. 1789) eseguì la nuova decorazione della cappella maggiore.

La Compagnia di San Rocco fu soppressa nel 1798, ed i suoi beni confiscati. L'oratorio rimase inutilizzato, a differenza della sottostante chiesa che fu adattata a camera mortuaria, utilizzo che permise di salvaguardarne l'aspetto originario. Danneggiato durante i bombardamenti aerei nel 1944 e restaurato nel 1954, è stato recentemente recuperato e riaperto, insieme alla chiesa.